无论是哪一款航海游戏，都是离不开船只这个核心要素的，《ATLAS》自然也不例外，更何况这是一款将海盗玩法贯彻到了游戏方方面面的沙盒游戏，既然是海盗，就得学会驾驶船只，有时候还得掌握如何建造船只。船只的建造玩法是《ATLAS》的一大特色，游戏中存在着个性化的船舶定制系统，支持玩家在原有初始船只的基础之上，摆放各类零部件或者建造建筑塔，来改变船只的外观，当然更重要的是实现多样化的功能。
根据船只的用途，《ATLAS》中的船只大致上可以分为两大类，一类是战斗型船只，主要就是用来攻击海怪，或者和其他玩家对战，还有一类是贸易型船只，在贸易时代必不可少。基于个性化的船舶定制玩法，有一位玩家打造出来了能够在多领域使用的完美船只。
这艘船只既可以用来战斗也可以用来贸易。想要实现跨领域，就得依赖栏杆模块和三类建筑塔。每一艘船只都有一定的模块点数量，在限定的模块点之内，玩家合理分配了货架栏杆和大炮栏杆的比例，并根据现实情况适当地调整，如果需要战斗，就增加大炮栏杆的数量，需要贸易，就将大炮栏杆置换成货架栏杆。
